Op de ruines van dit kasteel bouwden eeuwen later de Venetianen die Kreta vanaf de 13e eeuw in bezit kregen de indrukwekkende Fortezza Spinalonga. Dit fort was onderdeel van een reeks machtige verdedigingswerken die de Venetianen langs de hele Kretenzische kust hebben gerealiseerd.
Na de Turkse invasie duurde het nog vijfenveertig jaar voordat ook het Fort Spinalonga na een drie maanden lange belegering in Turkse handen viel.
Gedurende de eeuwen die volgden woonden er Turkse families binnen de veilige muren van het oude fort en bloeide er de handel. Kreta werd aan het eind van de 19e eeuw eindelijk van het Turkse juk bevrijd. Het nieuw opgerichte Kretenzische Parlement ondernam allerlei plannen om het leven voor de bewoners van het inmiddels onafhankelijke Kreta te verbeteren. Het wilde ook iets doen aan de situatie van de melaatsen van Kreta die tot dan toe op de slechtste plekken rondzwierven en volkomen aan hun lot werden overgelaten. Daarom besloot het Parlement in 1903 tot de stichting van een leprakolonie waarin alle melaatsen van Kreta zouden worden ondergebracht en die zou worden gevestigd op het eilandje Spinalonga.